PENGENALAN ALAT-ALAT DI LABORATORIUM BIOTEKNOLOGI

(Praktikum Bioteknologi Dasar)

Oleh

Nurhudiman

1114121146

JURUSAN AGROTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN

UNIVERSITAS LAMPUNG

2012

I PENDAHULUAN

Didalam dunia ini tidak ada yang tidak mungkin apabila kita mau mencoba dan berusaha. Pengetahuan yang semakin meningkat dan teknologi yang semakin canggih membawa manusia untuk selalu membuat teknologi yang baru.  Didalam ilmu pertanian untuk kemajuan teknologi sering dikenal dengan bioteknologi pertanian yang isinya berkaitan dengan  bagaimana teknologi pertanian semakin meningkat. Tidak semua hasil teknologi yang baru akan menjadi bioteknologi baru yang modern. Karena sesuatu yang baru saat ini bisa dikatakan modern dan kita tidak tahu apakah hari esok ada teknologi yang baru sehingga yang modern saat ini bisa jadi suatu saat menjadi bioteknologi konvensional.

Teknologi yang semakin meningkat tidak mungkin adanya tanpa alat-alat yang canggih. Peralatan yang digunakan dalam perkembangan bioteknologi pertanian juga merupakan hasil dari kemajuan pengetahuan dan teknologi manusia. Memang peralatan yang digunakan masih mahal karena bisa dikatakan ilmu yang masih langka. Oleh karena itu sebaiknya sebelum kita mempelajari pengetahuan dan praktik di laboratorium bioteknologi setidaknya kita sudah mengenal alat-alat yang ada dilaboratorium bioteknologi.

II TUJUAN PRAKTIKUM

Tujuanya dilakukan dalam praktikum ini adalah sebagai berikut:

1.      Mengenal alat-alat di laboratorium bioteknologi

2.      Memahami fungsi dan kegunaan alat-alat di laboratorium bioteknologi

3.      Dapat merawat  dan menggunakan alat-alat dilaboratorium bioteknologi

III HASIL DAN PEMBAHASAN

No	Nama alat	Gambar alat
1.	PCR Machine
2.	Elektroforesis
3.	ULV Transkuminator
4.	Centri Fugal
5.	Spektofotometer
6.	Chip DNA
7.	Fluorometer
8.	Inkubator/shacker

1.      PCR Machine

PCR Machine adalah alat yang digunakan untuk perbanyakan dengan menggunakan alat ini dapat menghasilkan DNA yang cukup besar yang banyak. Alat ini juga terdiri dari beberapa siklus berulang-ulang biasanya 20 sampai 40 siklus. Dalam proses kerjanya Pc Machine memiliki 3 tahap proses diantaranya sebagai berikut:

1.         Denaturasi

Proses ini melakukan pemasangan hingga 96^o C selama 30 sampai 60 detik. Pada suhu inlah Dna utas ganda akan memisah menjadi utas tunggal.

2.         Annealing

Setelah terbentuknya DNA utas tunggal, Suhunya diturunkan antara kisaran 40-60^o C selama 20 sampai 40 detik untuk memberikan kesempatan bagi primer untuk menempel pada DNA template dalam tempat yang komplemen dengan sekuen primer.

3.         Ekstensi/Elongasi

Dengan menaiknya suhu tersebut kerja optimum enzim DNA plymerase, biasanya pada suhu 70-72^oC. Di tahap inilah DNA polyerase akan memasangkan dNTP yang sesuai paa pasanganya,  apabila basa pada templatenya A, maka akan di pasang dNtp, dan seterusnya. Enzim tersebut akan memperpanjang rantai yang baru hingga keujung. Lamanya waktu bergantung pada panjang daerah yang akan diamplifikasi, umumnya 1 menit untuk setiap 1000bp.

2.      Elektroforesis

Elektroforesis merupakan alat yang digunakan untuk pemisahan pada DNA mengelompokan berdasarkan molekulnya dan strukturnyafisiknya. Elektroforesis sel agarosa dapat dilakukan memishakan sampel DNA denganukuran dari beberapa ratus hingga 20.000 pasang basa (bp). Apabila DNA bermuatan negatif dalam medan listrik yang bermigrasi melalui matriks menuju positif (anode). Visualisai Dna dilakukan dibawah sinar ultraviolet setelah terbit dahulu gel dalampem buatannya ditambahkan larutan etidium bromid. Cara lain untuk melihatnya visualisasi DNA adalah gel direndam di dalam larutan. Ada beberapa tahap dalam cara kerja Elektroforesis:

1.         Etraksi Enzim

Memberikan dan menempatkan mortal sebanyak ±200 sampai dengan halus.

2.         Pembuatan Gel

Melarutkan gel bubuk yang khusus untuk elektroforesis pada erlenmenyer.

3.         Penempatan Sampel

Melepaskan dari cetakan dengan cara mengirisnya.

4.         Proses Elektroforesis

Proses ini di dalam lemari es hingga 40^oC

5.         Visualisasi sistem enzim

6.         Metoda analisis

3.      ULV Transkuminator

Alat ini digunakan untuk membaca kelompok DNA. Transkuminator mudah digunakan perangkat lunak kamera on/of, kontroll kamera sofware-dengan bantuan koreksi gel buruk diposisikan timer untuk paparan jangka panjang/integrasi. Penyimpanan pada hard drive internal: HRX,BMP,TIFF,JPG. Cara kerja alat ini adalah sebagai berikut:

1.      Memperbaiki citra dan fitur data

2.      Seperti Artefak Removal

3.      Menyesuaikan Latar Belakang

4.      Cut/Copy/Paste

5.      3-D Graphic penciptaan

6.      Anotasi penuh dan gambar peningkatan filter menghasilkan publikasi dokumentasi.

4.      Centri Fugal

Centri fugal merupakan alat penunjang dalam percobaan di laboratorium bioteknologi alat ini digunakan untuk memindahkan cairan-cairan melalui pipa. Jadi pada tekanan airnya memiliki energi kinetik/kecepatan untuk aliran fluida melalui rotor atau impeller. Energi kinetik kemudian dikonversi menjadi peningkatan potensial/tekanan statis dengan memperlambat aliran melalui diffuser. Car kerja mesin ini yaitu pusat poros diputar oleh motor, Roller diatur pada tali karet, tali karet putar, ketika bekerja, blower akan menarik udara panas dari penggilingan.

5.      Spektofetometer

Spektofotometer merupakan alat yang digunakan untuk mengetahui ukuran absorban dan protein. Spektofotometer terbagi menjadi dua yaitu single-beam dan double-beam, perbedaannya pada cara pmeberian cahayanya dimana single-beam cahayanya hanya sat arah dan nilai absorbsi serta larutan yang dimasukkan. Langkah-langkah utama dalam analisa dengan sinar UV/Vis

1.      Pembentukan molekul yang dapat menyerap sinar UV/Vis

2.      Harus dilakukan jika senyawa yang dianalisa tidak melakukan penyerapan didaerah UV/Vis

3.      Senyawa harus diubah menjadi bentuk lain yang dapat melakukan penyerapan pada daerah yang dimaksud. Misalnya mengubah menjadi berwarna atau tidak berwarna.

4.      Pemilihan panjang gelombang agar diperoleh panjang gelombang maksimum.

5.      Pembuatan kurva kalibrasi. Untuk keperluan ini dibuat sejumlah larutan standar dengan berbagai konsentrasi.

6.      Absorbans larutan standart ini diukur kemudian dibuat grafik A versus C.

7.      Hukum Lambert Beer terpenuhi, jika grafik berbentuk garis lurus yang melalui titik nol.

8.      Pengukuran sampel dilakukan pada kondisi yang sama seperti pada larutan standart.

6.      Chip DNA

Chip DNA merupakan suatu alat yang digunakan untuk mendeteksi delesi (mutasi) pada pasien yang terkena viru, atau mencari penyakit.

Langkah-langkah utama yang terlibat dalam pembuatan DNA microarray:

1. Proses produksi microarray

2. Persiapan target

3. Hibridisasi

4. Scanning slide

5. Analisis data

6. Ekspresi pengelompokan profil

7.      Fluorometer

Fluorometer digunakan untuk meneruskan gelombang cahaya yang panjang dengan eksitasi cahaya terhambur.

8.      Inkubator/Shocker

Inkubator yaitu alat yang digunakan untuk mensterilisasi dari virus, bakteri dan spora. Inkubator adalah alat utk menginkubasi atau memeram mikroba pd suhu yg terkontrol.Alat ini dilengkapi dgn pengatur suhu dan pengatur waktu. Kisaran suhu utk inkubator produksi Heraeus B5042 misalnya adalah 10-70 °C.. Kerjakan, jgn terlalu penuh (overload) krn memperbesar resiko kontaminan 8. Atur alat dan bahan yg telah dimasukan ke BSC sedemikian rupa sehingga efektif dlm bekerja dan tercipta areal yg benar-benar steril 9. Jgn menggunakan pembakar Bunsen dengan bahan bakar alkohol tapi gunakan yang berbahan bakar gas. 10. Kerja secara aseptis dan jgn sampai pola aliran udara terganggu oleh aktivitas kerja 11. setelah selesai bekerja,biarkan 2-3 menit supaya kontaminan tidak keluar dari BSC 12. Usap permukaan interior BSC dengan alkohol 70 % dan biarkan menguap lalu tangan dibasuh dgn desinfektan 13. Matikan lampu neon dan blower  Metode penyeterililsasian pada inkubator yaitu:

1.         Metode fisik

Metode fisik mencangkup pemanasan, pembakaran, penyaringan, penggunaan radiasi, dan penggunaan gelombang ultrasonik.

2.         Metode kimia

Metode kimia yaitu dengan menggunakan bahan-bahan kimia yang tepat.

3.         Metode kombinasi fisik dan kimia

DAFTAR PUSTAKA

Wanenoor, 2010  http://id.shvoong.com/medicine-and-health/medicine-history/2066436-peralatan-elektroforesis/ di akses pada tanggal 6 April 2012, 15:57

Tiina 2010, http://biologicallytested.wordpress.com/2010/01/29/elektroforesis-pcr/ di akses pada tanggal 6 April 2012, pukul 16:00

Hendro pramono, 2011 http://02bios2unsoed.wordpress.com/tentang/acarapraktikum/3-gel-elektroforesis-dna/ di akses pada tanggal 6 April 2012, Pukul 16:09

Jessle, 2011, http://naturalsciencejesslie88.blogspot.com/2011_08_01_archive.html di akses pada tanggal 9 April 2012, pukul 21:00

http://www.google.co.id/url?sa=t&rct=j&q=fungsi+transluminator&source=web&cd=10&ved=0CGgQFjAJ&url=http%3A%2F%2Fnanolytik.com%2Fpdfs%2Findonesi_german_gel_documentation.pdf&ei=FfiCT7HkGMWJrAerydjUBQ&usg=AFQjCNGtS4LHGMO1SdN2To00aYPNtN-xpQ&cad=rja di akses pada tanggal 10 April 2012, pukul 1:38

http://en.wikipedia.org/wiki/Centrifugal_pump di akses pada tanggal 10 April 2012, pukul 1:52